北京实验室是依托北京高校建设的科研平台，主要任务是面向科技前沿、国家重大需求等，汇聚高水平创新人才和团队，组织开展高水平科学研究，推动高精尖学科建设，产出一批重大原始创新成果。办法明确，依托高校是实验室建设和运行管理的具体负责单位，应在学科建设、人才计划、研究生培养指标、基本科研业务费、承担重大科研任务等方面，给予实验室重点支持，提供配套经费、人力资源、科研场所和仪器设备等条件保障。
实验室应建立灵活高效的人才管理机制，依靠高校全职教学科研人员，吸引国内外访问学者、优秀博士后等创新人才。市教委鼓励本科生进入实验室科研训练，推动人才培养模式和机制创新。实验室还应围绕主要研究方向和重点任务设立自主研究选题，组织团队开展持续深入的科学研究，联合国内外优秀团队开展协同创新，承担国家、区域和行业的重大科技任务，充分发挥高校多学科优势，加强跨学科、跨领域研究。
实验室项目经费应纳入高校财务统一管理，单独核算，专款专用，不得截留、挤占和挪用。实验室建设第三年，市教委将对实验室开展中期评估，重点评估发展状况和存在的问题，提出咨询建议。市教委将根据评估结果，对实验室进行动态调整。对实施不力、进展缓慢、难以达到预期绩效目标的，责令限期整改。
