和2003年制定的《新疆维吾尔自治区重点实验室管理办法（试行）》相比，《办法》提出了一系列有助于提升我区基础研究和创新能力的办法和举措；更加明确了自治区科技厅、行政主管部门及依托单位的职责分工；同时指出重点实验室实行“开放、流动、竞争、协同”的运行机制和“定期考评、动态调整、分类支持”的管理机制；增加了“重点实验室建设与运行经费由依托单位负责保障，各级财政统筹予以支持”的条款和“在国家科技计划项目推荐及自治区各类科技计划项目实施中，优先支持有条件的重点实验室”等扶持措施。
《办法》对申报重点实验室的条件进行了细化，在科研能力、人才队伍、软硬件条件、制度建设、配套支持等方面都提出了更明确的条件。
《办法》强化了对重点实验室的评估考核，明确了对考评结果分别处理的条款，考核方式以年度考核和定期评估相结合。评估为优秀、良好的重点实验室，给予运行经费补贴，同等条件下申报自治区级科技计划项目予以优先支持；评估较差的，需限期整改，整改后评估仍较差的，撤销重点实验室资格。
