农产品检测实验室可设置如下几个部分：业务收样室、样品贮藏室、样品处理室、试剂贮藏室、样品检测前处理室、仪器分析室、称量室、烘干室、标准溶液配制室、感官分析室、品质分析室、微生物检测室、转基因成分检测室、食品毒理分析室等。
通风系统要求
良好的实验室通风是实验室建设工作中的重中之重，通风的好坏直接关系到实验人员的身心健康，关系到仪器设备的使用效率和周围环境的污染状况。实验室通风要做到排风彻底，有机、无机分离。农产品检测实验室因使用有毒化学物品较多而对通风要求更高。实验室通风主要是排风要求，实验室应有足够的排风设施，并且有机蒸发和无机消化的排风设施要分开，避免在排风过程中易燃易爆有机试剂与强氧化性无机试剂混合发生爆炸。同时，有机、无机排风管道应使用不同的材料，以减少试剂腐蚀，增加使用寿命。
排风管道的设计应尽量缩短，减少死角，每个排风设施的上方应加装止回阀，防止试剂冷凝回流造成二次污染以及排风设施之间的气体流窜。排风管道因排风量和噪声控制的要求应尽量加大，特别是主管道。实验室内排风设施的面风速设计时应不小于0.5m/s，最大可到0.8m/s～1.0m/s。有条件的地方在排风口应添加环保设备，以使实验室排出的有毒有害气体满足环保要求
除此之外还有：消防喷淋和给水，洁净区域，气路，环境条件，门禁，人员防护系统，都需要合理分工，科学安排
