联合实验室建成后将进一步开展长江口水生生物资源与环境系统调查，以及长期监测，为水生野生动植物保护科学研究提供基础数据，建立数据档案，并基于调查数据对长江口的生物资源、保护措施效果、生态健康指数等进行更加精准的评估。
今后，联合实验室将聚焦长江口水域，以水生生物与生态环境基础数据获取与分析评价、水生野生动植物保护科学研究和人才培养为主要任务，掌握水生生物与环境监测方案设计、现代化监测技术集成、重要水生生物种类资源评估、生态系统健康评价等关键技术。未来3年还将逐步建设成为长江口水生生物与生态环境基础数据完备、生态系统科学研究全面深入、后备人才培养稳定输出的科教平台。
