管理办法内容显示，农业部重点实验室按照学科领域、产业需求和区域特点进行规划布局，以学科群为单元进行建设，包括综合性重点实验室、专业性(区域性)重点实验室和科学观测试验站三个层次，并且基本组织思路是以综合性重点实验室为龙头，专业性(区域性)重点实验室为骨干，科学观测试验站为延伸。
在职责方面，重点实验室主管单位要落实重点实验室建设的相关条件，为重点实验室建设和运行提供必要支持;重点实验室依托单位要优先支持重点实验室工作，提供相应的经费和条件保障，解决重点实验室建设和运行中的相关问题。
管理办法还就三类重点实验室的主要职责进行了规定，其中，综合性重点实验室主要针对世界农业科技发展前沿和国家农业发展需求，凝练重大科技问题，组织开展基础性、前沿性研究以及重大关键、共性技术研究，为农业发展提供新理论、新技术和新方法。发挥智库作用，为解决重大农业产业问题提供决策咨询和综合技术方案。并且要负责指导本学科群的重点实验室、科学观测试验站的建设和运行工作，强化学科群内分工协作，组织联合承担重大科技计划，提供科技信息等服务;专业性(区域性)重点实验室主要针对学科建设和区域农业发展需求，根据学科群发展定位和分工要求，组织开展农业应用基础研究和共性关键技术研究，为相关农业领域或区域发展提供理论和技术支撑;科学观测站主要接受综合性、专业性(区域性)重点实验室的业务指导，为重点实验室的研究活动提供服务。
此外，重点实验室建设方面，综合性重点实验室原则上从国家级科研机构和高等院校中遴选建设，专业性(区域性)重点实验室原则上从优势科研教学单位和企业中遴选建设，科学观测站原则上从地方科研教学单位和企业中遴选建设。
实验室管理方面，综合性重点实验室组织制定为期5年的学科群建设方案，并充分论证;新增重点实验室开展为期两年的试运行，考评合格后正式命名;重点实验室应加快推进科研设施、仪器设备、科研数据等开放共享，提高科技资源利用效率，有计划地实施科研仪器设备的更新改造和自主研制;重点实验室应当加强知识产权保护，依托重点实验室完成的研究成果均应标注重点实验室名称，有关知识产权的权属和收益分配按照国家相关规定办理。
具体通知如下:
农业部关于印发《农业部重点实验室管理办法》的通知
各有关单位：
为贯彻落实创新驱动发展战略，进一步规范和加强农业部重点实验室的建设与运行管理，充分发挥科技支撑引领现代农业发展的重要作用，我部组织对2010年制定的《农业部重点实验室管理办法》进行了修订。现印发你们，请遵照执行。
农业部
2017年9月5日
