《办法》提出，主管部门应当在每年9月底之前提出下年通过基本科研业务费支持的行业基础性、支撑性、应急性科研工作的具体任务。科研院所应当在每年度终了后三个月内，向主管部门提交年度经费使用情况报告。
《办法》强调，科研院所可以使用基本科研业务费联合院(所)外单位共同开展研究工作。合作研究经费一般不能拨至科研院所以外单位，确需外拨时应经管理咨询委员会审议通过，并签订科研任务合同等。
科研院所基本科研业务费中支持40岁以下青年科研人员牵头负责科研工作的比例，一般不得低于年度预算的30%。
《办法》还提出，基本科研业务费具体开支范围由科研院所按照国家有关科研经费管理规定，结合本单位实际情况确定。但不得开支有工资性收入的人员工资、奖金、津补贴和福利支出，不得分摊院所公共管理和运行费用(含科研房屋占用费)，不得开支罚款、捐赠、赞助、投资等。
此外，《办法》要求，基本科研业务费所发生的会议费、差旅费、小额材料费和测试化验加工费等，应当按照《财政部科技部关于中央财政科研项目使用公务卡结算有关事项的通知》规定实行“公务卡”结算。劳务费、专家咨询费等支出，原则上应当通过银行转账方式结算，从严控制现金支付。
基本科研业务费的资金支付应按照国库集中支付制度有关规定执行，属于政府采购范围的，应当按照政府采购的有关规定执行。
《办法》指出，基本科研业务费项目实施期间年度剩余资金可结转下一年度继续使用。连续两年未用完或者完成任务目标并通过验收、项目中止等形成的剩余资金，报财政部确认为可留归单位使用的结余资金后，由科研院所按照基本科研业务费的管理和使用要求在2年内统筹安排。
