我国自20世纪80年代开始建设国家重点实验室以来，在国家重点实验室、工程实验室、国家实验室建设等方面进行了许多有益探索。党的五中全会报告明确提出“十三五”期间在重大创新领域组建一批国家实验室，标志着国家实验室已经成为深入实施创新驱动发展战略的重要举措，迫切需要解放思想，进一步明确国家实验室定位、建设重点和运行管理机制。
首先，国家实验室是国家自主创新能力和竞争力的核心载体，是支撑国家创新驱动发展的核心力量。国家实验室功能定位必须从建设创新型国家和科技强国出发，以保障国家军事、经济、社会、国土、生态、能源资源、信息网络、空间海洋和核安全为使命，成为国家基础科学和前瞻技术综合研究及相关基础条件平台，成为国家战略高技术和产业关键核心技术研究开发与系统集成平台，成为国家高端科技创新人才集聚和培养基地。
其次，国家实验室建设必须以创新、协调、绿色、开放、共享发展理念为指导，兼顾国家当前和长远发展需求。国家实验室建设应充分借鉴国际经验，聚焦空天海洋、信息网络、人工智能、能源资源、智能制造、卫生健康、计量标准等重点领域，采用“自上而下”方式，依托基础较好的研究单元，集聚整合优势力量，组建法人实体的综合集成型国家实验室;面向世界科学技术前沿，在物质科学、生命科学、空间天文、工程技术等领域组建大型科技基础设施为核心与高端用户紧密结合的平台型国家实验室。
第三，国家实验室建设必须从构建科技强国科研体系角度出发，强化国家实验室的主导能力和作用。国家实验室必须始终将创新能力建设放在首位，集聚高端人才，夯实创新基础能力，在深化改革基础上，形成一批以法人实体的综合性国家实验室为核心，以国立科研机构为支撑，以大学和企业各类实验室为基础的专业化实验室网络集群，强化“自上而下”和“自下而上”两种组织模式的有效结合，显著提升国家战略领域核心竞争力，引领科学发展和战略产业发展方向。在厘清目前国家各类实验室、研究中心的功能定位基础上，形成国家实验室、国家工程实验室、国家重点学科实验室等国家实验室体系，形成功能互补、相互支撑、紧密合作的发展新局面。
第四，国家实验室管理必须坚持“宏观预算管理一体化”与“微观运行管理专业化”原则，强化预算、绩效和运行管理能力建设。国家实验室管理必须遵循创新规律，一方面要从提高整体管理效能出发，加强中央统一预算、绩效管理;另一方面要从政府经济社会发展管理职能分工和国家实验室领域特点等实际情况出发，借鉴主要国家经验，可以采取分布式管理模式，有利于强化政府对涉及国家安全的大型国家实验室的运行管理，有利于探索公私部门合作管理运行国家实验室新模式，推动国家实验室开放合作和国际化。
