常规HPLC每日流出的流动相超过1L，作为流动相的溶剂通常是挥发性有机化合物，在环境中分散污染，甚至具有毒性。人们逐渐考虑从绿色的角度减少溶剂的用量。
首先是样品制备的绿色化。为样品制备带来绿色的技术通常有固相萃取(SPE)及超临界流体萃取(SPME)，其中普遍应用的SPE具有溶剂消耗少、制备时间短及可实现自动化的优点。
再则是尽可能的减少分析时间，这样可直接减少溶剂的消耗量，具体措施一是提高洗脱液入口压力或升高柱温;二是使用整体柱以增加柱渗透压;三是通过UPLC与更小粒径填料色谱柱相配合。
最有前景的减少溶剂用量的方法则是仪器的小型化。虽然直接缩短柱长是小型化的最直接方式，但通常会降低分离效能。微流色谱属于色谱小型化的另一种方法，其特点是流动相流速以µL/min为单位，使得在24小时的分析中，仅产生小于10mL的废液。使用微流色谱的另一优点是减少了固定性填料用量，配合使用灵敏度高的检测器(如MS)可大大提升这种方法的灵敏度。
常规HPLC中最常用的溶剂之一为乙腈，其毒性高、处理成本高，并不是一种绿色溶剂。乙醇与乙腈虽具有类似的物理性质，但其粘度很高，并不适用于常规液相色谱系统(40MPa)。随着仪器技术的发展，高效液相色谱仪的使用压力可大于100MPa，粘度不再是一个关键问题。
对于高温HPLC，用纯热水作为洗脱液代替常规流动相被称为“亚临界水色谱法(SWC)”，纯水作为流动相，使色谱与FID等检测器的联用具备了可能性;另外一些化合物的热流出与MS检测器具有兼容性。
使GC更环保的一种方法是快速毛细管技术，可通过缩短柱长并减小柱内径的方式实现。在实现超快程序升温方面，低热量技术(LTM)则可通过降低功耗及增加柱加热速度来减少色谱时间。而采用电阻加热的覆镍熔融二氧化硅柱则可快速加热及冷却，更适合快速GC和便携式仪器分析。另外，多维GC新技术的开发，可更好的分离复杂样品组分，而并不使用更多的时间。
新型分析仪器、样品制备技术等方面的新发展可进一步增强分析技术的绿色分量，鉴于绿色药物分析技术旨在显著减少溶剂、试剂和能量的消耗并节省分析时间，将分析人员和研究者的风险及对环境的破坏最小化，自动化、快速化、简易化、小型化及在线化的分析系统将会是下一步药物分析技术绿色革命的重点目标。
