流式细胞技术广泛应用于学术研究、临床和疾病诊断等各个领域。越来越多的患者患有艾滋病和癌症，越来越多的医院和诊断中心使用流式细胞仪,从而也带来了疾病诊断和检测领域对流式细胞技术迫在眉睫的需求。
预计，全球流式细胞仪市场将在未来几年以惊人的速度增长,一方面由于仪器技术的进步，另一方面是因为各种研究和诊断应用中越来越高的采用率。另外，流式细胞仪在细胞遗传学、蛋白质组学和海洋生物学等创新研究中的应用，也将进一步推动市场的增长。
此外,癌症和艾滋病等疾病发病率的上升可能会促进诊断领域更多地采用流式细胞仪技术。另一方面, 仪器和试剂的高成本、潜在的终端用户缺乏相关的应用意识和专业技术的限制等可能会阻碍这个市场的增长。总体来说，预计流式细胞术在药物开发和诊断领域将有很多的增长机会。
预计2022年全球流式细胞仪的市场将达到70亿美元，复合年增长率为16.0%。
北美占最大的市场份额，其中2011年，该地区占全球流式细胞仪市场的43.5%，达12亿美元。预计2020年该地区市场将达到28亿美元，复合年增长率为10.1%。
由于亚太地区的研发外包及癌症和艾滋病等疾病发病率的增加，预测亚太地区将成为最赚钱的地区。
