体系重构：五项资金如何分配?
NO.1 国家自然科学基金：资助基础研究和科学前沿探索。
NO.2 国家科技重大专项：聚焦国家重大战略产品和产业化目标。
NO.3 国家重点研发计划：针对事关国计民生的重大社会公益性研究，以及事关产业核心竞争力、整体自主创新能力和国家安全的重大科学技术问题。
值得一提的是，大家熟悉的科技部管理的国家重点基础研究发展计划(“973”)、国家高技术研究发展计划(“863”)、国家科技支撑计划、国际科技合作与交流专项，发改委、工信部共同管理的产业技术研究与开发资金，农业部、卫计委等13个部门管理的公益性行业科研专项等，都将纳入进来，整合形成国家重点研发计划。
NO.4 技术创新引导专项(基金)：支持企业技术创新。
NO.5 基地和人才专项：支持科研基地建设和创新人才、优秀团队的科研活动。
整合优化：杜绝“多头申报”“跑部钱进”
目前在我国有上百个科技计划项目，而直接管理这些项目的国家机关有40多个，管理“九龙治水”、财政资金“天女散花”现象可见一斑。“庞杂的体系，造成了科研项目重复申报、科技计划碎片化等种种弊端。”
这种体制带来的直接后果是，科研项目多头申报、科研人员“跑部钱进”、项目经费缺乏监督等。中国农科院有关负责人曾向中国青年报记者透露，该院2012年各研究所申报科研项目渠道平均多达21个，其中来源渠道最广的3个研究所分别为43个、34个和25个。
整合形成的新五类科技计划(专项、基金等)既有各自的支持重点和各具特色的管理方式，又彼此互为补充，通过统一的国家科技管理平台，建立跨计划协调机制和评估监管机制，确保五类科技计划(专项、基金等)形成整体，聚焦重点，且避免交叉重复。
职能转变：政府退后，权力放交专业机构
政府职能转变，从项目的日常管理和资金的具体分配中解放出来后，将依托专业机构具体管理项目。
对专业机构的遴选：主要是对现有具备条件的科研管理类事业单位进行改造，形成若干符合要求的规范化的项目管理专业机构，并鼓励具备条件的社会化科技服务机构参与竞争，推进专业机构的市场化和社会化。
要依托专业机构具体管理项目，也要规范专业机构的行为。一是明确了专业机构的确定程序，二是对专业机构的资质作出了规定，三是对规范专业机构的运行提出了要求。
疑问：专业机构会不会成为“二政府”，滋生新的权力寻租?
随之而来的问题是，政府松手，将权力交给专业机构，会不会导致从“跑部门”到“跑机构”的异化?如何加强对专业机构的监管，避免权力寻租和黑箱交易?
科技部科研条件和财务司司长张晓原说：“政府并非放手不管，而是要与专业机构签订委托协议，并制定规范和统一的项目评审规则。科技部、财政部定期对其履职进行检查、监督和评价，并且建立责任倒查机制，可以说，监管力度是大大加强了。而且专业机构也是动态调整的并接受社会监督。”
随着专业机构的介入，科研经费的动态调整机制也将更加明晰，科技计划专项基金从立项到结项，不再是一成不变，甚至有可能被提前终止。
在放了一部分权的同时，科技部则加强对科技计划实施绩效的评估评价和监督检查。完善科研信用体系建设和“黑名单”制度，建立对主管部门和专业机构工作人员的责任倒查机制，开展“一案双查”，即在查处追究有关承担单位和个人责任的同时，倒查主管部门和专业机构是否存在管理漏洞，是否有工作人员在项目管理中存在渎职或以权谋私等行为。
有专家称，这一方案的出台，意味着我国科技投入的管理将出现历史性转折。
