基于将单个N-α保护氨基酸反复加到生长的氨基成份上，合成一步步地进行， 通常从抗原肽链的C端氨基酸开始，接着的单个氨基酸的连接通过用DCC，混合炭酐， 或N-carboxy酐方法实现。Carbodiimide方法包括用DCC做连接剂连接N-和C-保护氨基酸。重要的是， 这种连接试剂促接N保护氨基酸自己炭基和C保护氨基酸自由氨基间的缩水，形成肽链， 同时产出N，N?/FONT>-dyaylcohercylurea副产物。 然而， 此方法因其导致消旋的副反应，或在强碱存在时形成5(4H)-oxaylones和N-acylurea而受到影响。庆幸地是， 这些副反应能最小化，如果还不能完全消除。方法是加入象HoSu或HoBT这样的连接催化剂， 此外，此方法也可用于合成N保护氨基酸的活性酯衍生物。依次产生的活性酯将自发与任何别的C保护氨基酸或肽反应形成新的肽。
当从副产品, diaydohexylurea分离活性酯有困难时，可用混合Carbonic酐方法， 此方法由两步组成，第一步是在有tertiary碱的有机溶剂中用适当的酰基氯激活Nx保护氨基酸的炭基，第二步是让肽或氨基酸的自由氨基与Carbonic酐反应。Carbonic酐通常加到自由氨基的14倍。
虽然此方法在低温时高效高产，产品纯， 但也有其缺点， 例如，由羰基的强激活酐衍生物有消旋倾向。然而此问题在使用Nx-α-Urethane保护基（Cb2, 或tBoc）时便不会发生。进一步： 由于高反应性， 混合Carbonic酐 倾向5(4H)-oxagolomes, Urerbanes diacyimide, 酯的形成， 并易失调。
促进这些副反应的条件是高温，延长激活时间（即，混合酐形成后， 加到alkylchlorocarbonate和amine成份的时间，amine组成的空间占位，平共处和混合酐的不完整形成。大多这些副反应， 除形成哑唑酮和脲烷外，可通过低温进行反应（~-15℃），大为减少，并且缩短活化时间（~1-2分钟）。为了使哑唑酮和尿烷形成最少，要实行如下措施：1）必要性须用无水有机溶剂，乙酸，四氢 喃，t-butand, 或acetonitrile; 2） 应使用tertiary碱和N-methglmorpholine；3） 必须用C b2或tBoc N- α保护氨基酸。
虽然用isobutyl-和ethylchlorocarbonate常用来形成羰酐， 但确有别的连接试剂，例如，EEQD和IIQD用来与CarboxaP成份反应形成erhyl-或isobutyl carbonate衍生物。 不同于传统酐程序，EEQD和IIQD不要求碱，也不要求低温，通常要求一种有机溶剂（有许多也用）中0.1-0.4M浓度的等摩尔量的羰和氨成份。之后EEQD或IIQD多加5-10%, 温合液室温搅拌15-24小时。真空除去溶剂后，残留物溶于乙酸， 用1NHaHCO3 , 10% 枸橡酸和盐水洗剂，之后用无水Na2So4干燥，蒸发，产品可以重晶结或层析纯化。
抗原肽液相反应特点
大多数的经典化学反应都是在溶液中进行的。 因此，
(1)在溶液相合成中，可以使用先前所有的有机合成方法而没有任何的限制；
(2)反应物均一混合并且快速移动使得反应机会增加；
(3)在加热反应的例子中，热能通过溶液中的分子分散而被均匀转移；
(4)大量反应可以通过控制反应釜的大小和反应物的数量而实现；
(5)可以在每个步骤提纯并且分析反应化合物。
但是，也有一些缺点，
(1)在反应完成之后，需要的化合物和副产物都一起在反应混合物中，需要溶液化学中的分离步骤。
(2)如果使用过量试剂以获得高产量，需要提纯试剂。
(3)如果起始物质或副产物(或需要的化合物)易挥发或沉淀，那就容易多了，可是，如果这些不发生，就需要一个比较困难的后处理工作-萃取或色谱。 因此，后处理过程通常需要更多的时间和精力胜于反应过程。
(4)自动化溶液相合成由于提纯程序的复杂化而非常困难，因而难以实现。
