SWATH™应用与BaseSpace®相结合，首次实现新一代蛋白质组学和新一代测序工具的综合运用
2014年10月13日，中国北京 - 生命科学分析仪器技术发展的全球领导者AB SCIEX和Illumina（纳斯达克：ILMN）今天联合宣布双方将针对OneOmics™项目开展独家合作，将基于SWATHTM的新一代蛋白质组学（NGP）和新一代测序（NGS）工具在云计算环境中结合使用。
AB SCIEX的SWATHTM蛋白质组学云工具套件应用将托管于BaseSpace中。这是Illumina专为推动基因组学分析而设立的应用库和基于云的信息学社区。通过本次合作，BaseSpace将成为基因组学和蛋白质组学“大数据”的唯一存储地点。利用快速安全而流畅的复杂多组学数据集分析，该解决方案将有助于推动生物标志发现，协助癌症、糖尿病、老年痴呆症和心脏病等疾病的研究。
系统生物学研究所所长Leroy Hood表示：“以AB SCIEX和Illumina双方的精彩合作为契机，开展基因组学和蛋白质组学数据综合分析，必将进一步推广计算分析的应用面，实现数据分析的普及和标准化，并为生命科学的系统生物学领域提供一个平台。”
采用获得专利的AB SCIEX SWATHTM蛋白质组学软件，用户可在使用传统“鸟枪法”蛋白质组学测量难以重现的不完整蛋白质集时，解决“丢失数据问题”。SWATHTM率先实现了针对多种样本的可重复蛋白质组研究，并通过结合Illumina的NGS技术将进一步得到强化。
AB SCIEX总裁Rainer Blair表示：“SWATHTM软件是一种创新型专利技术，基本无需研制新方法就能够一次性检验数千个蛋白质。在与云应用结合后，我们的客户处理数据的速度现可加快50倍。OneOmics项目将帮助组学研究取得更加理想的成效。我们已经开发出四款SWATH应用，可支持蛋白质组学质谱分析数据的处理、分析和可视化，以挖掘生物奥秘。”
随着NGP和NGS产生数量不断增加的数据，双方通过密切合作帮助安全地存储、提取和管理大规模复杂数据集并在生物环境中对其进行可视化，进而突破生物医学研究的瓶颈。苏黎世瑞士联邦理工学院（ETH）分子生物学研究所的Ruedi Aebersold博士兼教授表示：“借助该平台，研究人员能够更迅速高效地建立可预测、可测试且行之有效的疾病模型。本质上，它把生物系统多层次分析的重点从实验室现场数据采集转移到计算领域，在这里可从全球范围共享大数据集。”
AB SCIEX SWATHTM云工具套件带来了越来越多的BaseSpace应用，能够从SWATH™蛋白质组学质谱分析数据挖掘出生物奥秘，具体包括：
Protein Expression Extractor – 用于处理原始质谱分析数据
Protein Expression Assembler – 用于蛋白质倍数变化分析
Protein Expression Browser –用于在生物环境中对结果进行可视化
Protein Expression Analytics –用于数据质量审核
Illumina公司发展高级副总裁兼企业信息学总经理Nicholas Naclerio指出：“这些新蛋白质组学工具将系统生物学功能带给BaseSpace，创建了一个基于云的易用型环境，有助于针对越来越多的应用快速完成数据分析。现在，任何需要真正的跨学科系统级生物学信息的人都可以从BaseSpace中找到所需信息。”
BaseSpace应用提供的信息学解决方案能够帮助客户充分利用日益庞大的术、商业和开源提供商群体提供的工具。BaseSpace中现已提供AB SCIEX SWATH™蛋白质组学云工具套件，敬请访问：www.basespace.com。
