作为此计划的一部分，将AB Sciex的SWATH™ 蛋白质组学云工具将托管在Illumina的BaseSpace应用商店中。这种伙伴关系将使BaseSpace成为基因组学和蛋白质组学“大数据”的一站式中心。
传统的“鸟枪法”蛋白质组学在测定不完整的蛋白质时难以重复，而AB SCIEX的SWATH™蛋白质组学软件解决了这种“数据丢失问题”，首次使许多样品的蛋白质组学重复研究变得可行，并通过集成Illumina的新一代基因测序技术得到进一步增强。
SWATH™蛋白质组学软件是一种专利创新技术，采用非数据依赖的采集方法，能够系统地生成完全的、高特异性的碎片离子全貌图，通过使用目标数据分析法可以查询任何感兴趣的蛋白质是否存在，并对其定量。
AB Sciex公司总裁Rainer Blair表示：“SWATH™软件几乎不需要方法开发，就能够一次查看成千上万个蛋白质。基于云端应用程序后，客户数据处理速度将提高50倍。OneOmics™项目将使组学研究获得更好的成果。我们已经开发了四个SWATH app支持质谱数据的处理、分析和查看。”
这四个应用程序分别为：
• Protein Expression Extracto-处理原始质谱数据
• Protein Expression Assembler-蛋白质折叠变化分析
• Protein Expression Browser-在生物学背景下查看结果
• Protein Expression Analytics-数据质量审核
近年来，NGP和NGS都在不断产生大量的数据。AB Sciex与Illumina这种伙伴关系能够帮助安全存储、检索和管理大型的复杂数据集，并在生物学背景下查看它们，解决了生物医学研究中的一个瓶颈。
对此，Illumina企业发展高级副总裁兼企业信息总经理Nicholas Naclerio说到：“这些新的蛋白质组学工具为BaseSpace增加了系统生物学能力，创建了一个易于使用的云计算环境，实现了快速数据分析。现在，BaseSpace让希望从系统水平了解生物学的任何人都能应用信息学。”
