更换镜头时应特别小心，避免手指接触透镜表面。镜头用毕应贮存于干燥洁净的干燥皿中，一免镜片胶合剂发霉而致损坏。
聚焦调节时，物镜头部不能与试样接触，应先转动粗调旋钮使物镜尽量接近试样（目测），然后从目镜中观察的同时调节粗调旋钮， 使物镜渐渐离开样品直到看到显微组织映象时，再使用微调旋钮调至映象清晰为止。镜头表面有污垢时，严禁用手或织物擦摸，应先用专用的橡皮球吹去表面尘埃， 显微镜不使用时需用防尘罩盖起（防尘罩可用玻璃、绸布等）
1、显微镜是精密仪器，操作时要小心，并避免突然和剧烈的震动。在下列场合不要使用仪器。靠近空调等设备的进气孔和排气孔的地方。靠近产生不正常噪音设备的地方。
2、不要强迫各种调节装置越过限位，这些位置表示操作的极限。所以不要用力过大。
3、为了防止灰尘侵入，在不使用模块时，应把原来装在相应模块安装座上的密封帽套上。清洁各种玻璃部件时，严禁用手或手帕等擦摸，不能用嘴吹，必须先用专用的橡皮球吹去表面尘埃，再用专用擦镜纸轻轻擦拭。要除掉指纹或油渍时，用少量的乙醚（70%）和酒精混合溶液沾湿专用擦镜纸擦拭。注意不要把这些化学品接近明火和可能的电火花来来源，如进行开关操作的电子设备。且只能在通风良好的房间使用。
4、如果玻璃部件以外的显微镜其他部件脏了，用一块干净布擦去。如果过分脏，不要使用有机溶剂擦拭。而要使用一块无毛软布蘸少量中性清洁剂擦拭。
5、不要拆开显微镜的任何部分。这会造成功能失调或性能下降。
6、不使用显微镜时，一定要把主开关拨到“0”（关）。等灯室完全冷却后，在贮藏前，把它用所提供的防尘罩盖上。
7、显微镜应放置在干燥通风，少尘埃及不发生腐蚀气氛的室内。室内的相对湿度应小于70%，要注意适时通风。但同时仪器不宜长期受阳光直射。室内温度过低机械部分的润滑脂容易冻结，使操作困难。在显微镜物镜、目镜装置处放上防护罩，以防尘埃进入镜体；仪器周围或内腔最好放置防霉剂，如甲醛B-萘酚、麝香草酚等慢性挥发药品。
8、操作时双手和样品要干净，绝对不允许江浸蚀剂未干的试样在显微镜下观察，以免腐蚀物镜等光学元件。操作时应精力集中，接通电源时应通过变压器，装卸或更换镜头时必须轻、稳、细心。
9、显微镜是一种精密贵重的光学仪器，要求非常仔细地使用和妥善的保管。要保持干燥、清洁。
