国家重大科学仪器设备开发专项设立是推动科技进步与创新的先导和重要保障支撑条件。长期以来，我国重大科学仪器设备开发十分薄弱，特别是高端科学仪器设备严重依赖进口，已成为我国自主创新能力提升和创新型国家建设的制约条件。
工欲善其事，必先利其器。抢占科技战略制高点、培育经济增长点和服务民生热点所需的核心重大科学仪器设备是难以依赖进口得到的。
国家重大科学仪器设备开发专项的设立将增强我国科学仪器设备自主创新能力，提升我国科学仪器设备自我装备水平，提高科技创新质量和水平，有力支撑经济社会发展和民生改善。
专项的设立，同时也是一把双刃剑。目前的科技评估体系侧重更加快速跟踪国际发展前沿，而潜心于长期、系统仪器研发人员的贡献在科技论文、引用率和获得奖项方面没有得到充分认可。在很多单位，原有的仪器研发人员、配套的辅助人员和高级技工队伍已经不复存在，潜心从事长期仪器研发的氛围得不到支持。其次，学术界出现的各种不端行为，以及这些不端行为不能及时发现和受到制约，造成从青年学生到学有所成的学者普遍存在急功近利的倾向，少有人愿意坐冷板凳去从事显示度低的工作。第三，国家对科研经费资助的快速增长，使得研究人员有更多的经费购置以前不可想象的昂贵科研仪器，客观上影响了研究人员从事仪器研发的积极性。
国内科学仪器设备研发项目主要由各研究机构和大学承担，企业承担的比例较低，产学研合作研发项目的比例更低，而且呈现下降趋势。与此同时，整个行业也没形成产学研合作创新的有效机制，企业难以真正成为创新的主体。企业缺乏研究实力，只能跟踪外国技术，缺乏市场竞争力。
