流经从化、花都、白云等区域的流溪河，两侧有不少工厂和居民楼，针对这一情况，《条例》规定，环保部门应当公布流域内向水体排放污染物的重点排污单位名录，督促重点排污单位安装自动监控装置，对水污染物排放总量、浓度进行实时监控。
根据要求，列入上述名录的重点排污单位，应当按照规定安装自动监测设备，对水污染物排放总量、浓度进行实时监控，如实记录水污染物排放情况。
《条例》还规定，流域管理机构应当对流域重点水功能区、行政区域交接断面的水质状况进行监督检查，发现重点污染物排放总量超标，或者水功能区水质未达标的，应向环保部门和相关区(市)政府通报。如发现行政区域交接断面的水质未达标的，应当在规定期限内提出解决方案，并采取暂停办理可能污染水体的生产建设项目的审批等消除或者控制污染，达到水质控制目标的措施。
另外，农业部门也要采取措施，减少流域化肥和农药使用量;有关区(市)则要划定辖区流域内禁养、限养禽畜养殖区域。畜禽养殖场应当对畜禽粪便、废水等污染物进行无害化处理，实现达标排放。
维护河道安全是水域保护另一项重要内容。《条例》规定，在流域河道和堤防管理范围内，不得修建大型游乐园等旅游设施，倾倒余泥、余渣、泥浆等建筑废弃物;同时还不得修建危害防洪、供水、水资源保护、水力发电、灌溉等建筑物、构筑物;种植高杆农作物和树木(堤防防护林除外)。
在堤顶方面，流域管理机构应当会同交警部门在流溪河干流堤顶路面设置限行标志和防汛抢险专用通道，除防汛抢险机动车辆、堤防工程管理车辆以外，其他机动车辆按照限行规定行驶。而绿道的建设和管理也应当服从防汛抢险和河道堤防管理的要求，不得损坏堤围，影响河道行洪，建设或管理单位应当在公共绿道设置安全防护设施和警示标志。
在防洪和生态公益林保护方面，《条例》规定，流域的干、支流两岸，源头区和水库的保护范围内的林地，应当划为生态公益林。该范围内的生态公益林是流溪河流域的水源涵养林，除进行抚育和更新性质的采伐外，不得采伐。
