而在国家自然科学基金委员会主任陈宜瑜看来，这个专项的重要性并不仅仅在于其资助经费体量的巨大。
期待自主仪器开拓科学疆土
“现代科技的重大突破越来越依靠科研仪器的进步，特别是基于新原理的新型科研仪器的创新性发展。”陈宜瑜指出，“可以说，科学仪器的进展代表着科学前沿的方向，科学仪器的创新既是科技创新的组成部分，也是推动科技创新的重要支撑。”
陈宜瑜说：“实际上，真正有望做到世界领先水平的实验科学研究工作，必须依靠有自己特点的先进科研仪器，特别需要那些运用到许多新原理、新方法和新技术的自主研发仪器。”
但是，这样的仪器并没有现成产品可买，即使有类似的，也需要买回来再升级改造和进行系统集成。显然，如果不重视仪器研发，在实验手段这个环节上就轻易地输掉了关键一局。
当前，我国科学发展已进入到由量变到质变的关键时期，“科研仪器设备研制水平成为制约我国基础研究国际地位的重要环节。在国际较量面前，不能寄希望于用别人开发的仪器设备开拓新疆土”。陈宜瑜对此报以殷切希望。
重大仪器专项之“大”不在体量
正是由于科研仪器的重要性，科技部、基金委、中科院等部门此前都有专项经费对新型科研仪器进行资助。不过，面向科研的原创性仪器资助与需求相比仍有较大差距。
另外，原创性科研仪器研制是以前沿科学家为主体、与信息技术等交叉才能得以成功的高层次科研活动，需要较强的科学、技术、工程、管理等方面的经验积累，陈宜瑜认为，我国在这样一支高层次队伍建设上还有欠缺。
经费与技术上的两大瓶颈，导致了我国真正意义上的原创仪器仍属稀缺物品。
重大科研仪器设备研制专项应运而生。陈宜瑜指出：“要注意的是，不是所有在科学上有重大突破的科研仪器都由大规模经费资助而产生。大量的突破常常是资助规模不大，但原始创新思想突出，一些原理上貌似简单的原创性科研仪器开拓出大片研究领域的例子比比皆是。”
陈宜瑜强调，不能一味追求国家重大科研仪器设备研制专项项目在体量方面的“重大”，而是要强调其科学意义和科学目标的“重大”。
量身定制的全方位管理制度
2012年，重大仪器专项采取部门限额推荐立项建议和自由申请两种模式受理申请。其中，自由申请项目资助计划为2亿元，单项资助强度不超过1000万元/项;项目推荐部门为中国科学院、教育部和国防科工局。实施方案还特别要求严格控制经费额度在1亿元以上的项目申请。
陈宜瑜指出，原创性科研仪器研制具有强烈的探索性和高风险，要鼓励科学家以勇于探索的精神，推动科研仪器创新研制，同时，要有宽容失败的政策环境。不过，容许失败并不意味着放松管理。基金委为该专项量身打造了一套严格的遴选和评审制度，除了要考查项目对推动科学发展的重要作用、研究者本身的积累及其团队状态，还要考查仪器设备研制与国家重大科研需求的关系，以及设计方案本身的创新性，如原理性创新、独到的设计思想等等。
并且，要对项目的实质性内容进行甄别，严格审查立项建议的核心内容，避免打包、拼盘和重复立项，避免穿衣戴帽型的包装项目，同时保证经费预算的合理性。
“我们不要求最后研制出的科研仪器成为一个型号、一个系列的产品，而是希望科学家以原创性的工具取得原创性的科学突破、用科学目标引导下的科研工具变革获得重要的科学突破。”
